İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi был основан 19 февраля 2009 года на основании Закона № 5839 Великого Национального Собрания Турции под эгидой Фонда здравоохранения и образования «Ватан» (Vatan Sağlık ve Eğitim Vakfı — VASEV). Корни фонда уходят в 1974 год, когда доктор Азми Офлуоглу — одна из наиболее влиятельных фигур в частном здравоохранении Турции — заложил основу того, что впоследствии превратилось в первую в стране сеть частных клиник, включая знаменитую группу госпиталей Vatan, историческую Немецкую больницу (Alman Hastanesi) и Итальянскую больницу в Стамбуле. Эти учреждения сыграли решающую роль в формировании современного частного здравоохранения Турции и заслужили безупречную репутацию в области клинического мастерства. Опираясь на десятилетия опыта в медицине, управлении клиниками и медицинском образовании, VASEV принял стратегическое решение направить свой потенциал в сферу высшего образования, что и привело к созданию İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi.
Свой первый учебный год университет начал в 2010–2011 годах, приняв 860 студентов на семь факультетов и два профессиональных училища. С самого начала вуз выстраивался вокруг ясной концепции: стать исследовательским университетом, выпускающим конкурентоспособных на мировом уровне специалистов, при этом сохраняя верность этическим принципам и светским идеалам Ататюрка. К 2018–2019 учебному году Yeni Yüzyıl вырос до десяти факультетов — медицина, стоматология, фармация, юриспруденция, изобразительные искусства, экономика и управление, науки о здоровье, естественные и гуманитарные науки, коммуникации, инженерия и архитектура, спортивные науки, — а также включал два профессиональных училища, три института послевузовского образования, 27 бакалаврских направлений, 25 программ среднего профессионального образования и более десятка магистерских и докторских программ. Преподавательский состав вырос до почти 600 человек, среди которых 96 профессоров, 30 доцентов и 188 старших преподавателей.
Инфраструктура кампусов отражает медицинскую ДНК университета. Главный кампус имени доктора Азми Офлуоглу в районе Топкапы включает семиэтажное основное здание площадью 37 445 кв. м и десятиэтажный корпус-пристройку площадью 20 000 кв. м с лекционными аудиториями, семинарскими залами и административными помещениями. В кампусе Джевизлибаг расположены лаборатория наук о жизни и технологий, а также лаборатория криминалистики, где реализуются междисциплинарные проекты в области медицины, молекулярной биологии, биомедицинской инженерии, диетологии и судебной генетики. Факультет стоматологии занимает отдельное восьмиэтажное здание в районе Сютлюдже-Халыджыоглу с восемью клиниками на 60 стоматологических установок, центральным стерилизационным блоком, операционной, экстренной службой и конференц-залом — всего 3 800 кв. м. Жемчужиной клинической экосистемы является кампус госпиталя Газиосманпаша, который занимает 59 827 кв. м и включает 117 поликлинических отделений, 12 операционных, 254 палаты и 336 койко-мест. В 2017 году госпиталь получил аккредитацию Joint Commission International (JCI), подтвердившую соответствие высочайшим мировым стандартам безопасности пациентов и качества медицинской помощи.
Интернационализация была приоритетом Yeni Yüzyıl с первых дней. Университет получил Хартию Erasmus уже в год своего основания, что позволяет студентам проводить один или два семестра в 46 странах Европы. На сегодняшний день вуз поддерживает 77 двусторонних партнёрств по линии Erasmus+ с университетами Италии, Испании, Греции, Германии, Португалии, Польши, Румынии, Болгарии, Бельгии, Венгрии, Чехии, Хорватии, Северной Македонии, Литвы, Словении и Словакии, а также имеет меморандумы о взаимопонимании с вузами других континентов. Активная внеучебная жизнь дополняет академическую составляющую: более 49 студенческих клубов охватывают направления от науки и технологий до искусства и спорта, обеспечивая студентам разностороннее развитие далеко за пределами аудиторий.